大谷吉继诞生于1565年（永禄8年）。

其母亲是丰臣秀吉妻子的侍女。父亲身份不明。

据说他从小就在秀吉手下长大，与后来成为盟友的石田三成一边竞争，一边成长。当秀吉成为日本统治者时，吉继作为优秀的实务官僚支持丰臣政权。

1589年（天正17年），成为敦贺领主的吉继扩建了敦贺城，完善了町的开发建设，将敦贺变成了「有城堡的港湾都市」。敦贺向京都和大阪提供物资，并且在发生战争时也是安排兵粮、船舶和操船者的据点。可以说敦贺港近代之后的繁荣基础是在吉继时代奠定的。

然而秀吉死后，德川家康成为政治中心。关原之战（1600年／庆长5年）是支持丰臣家的三成与德川派之间的战斗。三成方战败，支持三成的吉继用刀剑自杀。此后敦贺城也变成废城。

吉继成为精通智略的人物而闻名，经常在连续剧和小说中被描绘出来，并作为一位在病中与盟友一起站在战场上的正义武将而广受人们的景仰。