大谷吉繼誕生於1565年（永祿8年）。

其母親是豐臣秀吉妻子的侍女。父親身份不明。 據說他從小就在秀吉手下長大，與後來成為盟友的石田三成一邊競爭，一邊成長。當秀吉成為日本統治者時，吉繼作為優秀的實務官僚支持豐臣政權。

1589年（天正17年），成為敦賀領主的吉繼擴建了敦賀城，完善了町的開發建設，將敦賀變成了「有城堡的港灣都市」。敦賀向京都和大阪提供物資，並且在發生戰爭時也是安排兵糧、船舶和操船者的據點。可以說敦賀港近代之後的繁榮基礎是在吉繼時代奠定的。

然而秀吉死後，德川家康成為政治中心。關原之戰（1600年／慶長5年）是支持豐臣家的三成與德川派之間的戰鬥。三成方戰敗，支持三成的吉繼用刀劍自殺。此後敦賀城也變成廢城。

吉繼成為精通智略的人物而聞名，經常在連續劇和小說中被描繪出來，並作為一位在病中與盟友一起站在戰場上的正義武將而廣受人們的景仰。